第一季
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大家有没有听过“直升机医疗”一词呢？它是2007年6月法制化的最新医疗系统。直升机医疗是把急救诊疗室搭载在直升机上，随时能往危重病患身边派遣的主动医疗方式，它不同于以往的保守式治疗，可以在最短的时间内争分夺秒地把病患从死亡线上挽救回来。
2008年夏天，四位年轻的实习医生作为飞行医生研修生来到了翔阳大学附属北部医院急救中心，在这里，他们面对自己的人生和医生的天职，谱写出一部扣人心弦的故事。

SP简介
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隧道事故中不顾救援队警告坚持治疗的五个人，被惩罚停职一周。藤川和绯山回了老家，绯山还被家人安排了相亲。在各自度过了停职的一周，五个人重新回到了工作岗位。
与此同时黑田决心专心投入到复健中，他告诉田所部长自己的决定后，与三井等上级医生短暂告别后离开了医院。对于黑田医生的不告而别，几位实习生很不是滋味。
另一方面蓝泽奶奶也继续坚持复健，却无恢复记忆的迹象，被安排去养老院疗养。可是出发前的某天她突然……
然而列车脱轨事故的发生，造成了重大伤亡，大家又纷纷赶去事故现场。得知这一消息的黑田会……

第二季
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距第一季已经过去了一年三个月，四个实习生们（飞行医生专业研修生）结束了他们的进修。是继续作为飞行医生留在翔阳大学，是精进医术成为顶尖的专科外科医生，还是拿不到结业证书重修呢？第二季将以冬日的澄澈晴空为舞台，围绕着“毕业”这一主题，描写面对人生的分岔路时的五个年轻人的故事。

第三季
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十年过去，当年的五人组在各自的人生道路上继续前进。蓝泽耕作（山下智久）离开翔阳大学附属北部医院急救中心，成为一名脑外科医生，他不断挑战高难度手术，精益求精。白石惠（新垣结衣）则留在人员紧缺的翔北急救中心继续当飞行医生们的领队。绯山美帆子（户田惠梨香）离开翔北医院去了围产期医疗中心，成为了一名妇产科医生。冴岛遥香（比嘉爱未）继续飞行护士一职并成为了业界王牌。而藤川一男（浅利阳介）也留在了翔北医院做一名骨科急救医生。
急救中心新进了一批实习飞行医生名取飒马（有冈大贵），灰谷俊平（成田凌），横峰明里（新木优子），还有立志成为飞行护士的雪村双叶（马场富美加）。新人们各种表现不理想让急救中心的成员们十分失望，只有白石惠为了解决人手不足的问题，努力培养教导他们成为有用战力。
曾经的实习医生们，面对新的实习医生们，会有什么样的故事发生呢？

番外篇
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不只是灾难现场，每一个普通的日子都充满了感动。《Code Blue -另一个日常-》讲述了飞行医生们在医院内经历的，平凡又感人至深的故事。

SP2简介
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本特别篇紧跟第三季故事，为大家揭开第三季季末留下的最大悬念“灰谷医生如何克服直升机恐惧症”。灰谷为了克服PTSD，开始接受精神科医生二宫栞的治疗。但是急救的第一线并不等人，接连不断的直升机呼叫，突发的地铁隧洞坍塌事故，灰谷能不能克服心理障碍，勇敢迈出新的一步呢？